1941 m. vasarą, naciams okupavus Lietuvą, prasidėjo masinis žydų persekiojimas ir žudymas. Žmonės buvo suimami gatvėse, uždaromi į getus, žudomi masinių žudynių vietose.

Tų pačių metų rugsėjo 6 d. buvo įkurtas Vilniaus getas. Iš maždaug 50 tūkst. Vilniaus geto kalinių, nacių okupacijos pabaigos sulaukė tik apie 2-3 tūkst. Vilniaus žydų, dauguma jų nužudyti Paneriuose.

Iš viso nacių okupacijos Lietuvoje metu buvo sunaikinta apie 195-196 tūkst., arba 90% visų Lietuvos žydų.

1990 m. Lietuvoje pradėta Holokausto, kaip didžiulės Lietuvos visuomenės tragedijos, analizė ir žydų genocido aukų atminimo vietų įamžinimas. Rugsėjo 23 d., Vilniaus geto likvidavimo dieną, pagerbiamas visų Lietuvos žydų, nužudytų Holokausto metu Lietuvoje, atminimas.

Tačiau dalis visuomenės iki šiol nepripažįsta Holokausto kaip visos Lietuvos valstybės tragedijos, vengiama dehezorijuoti asmenis, vykdžiusius nusikaltimus žmogiškumui ir prisidėjusius prie žydų genocido Lietuvoje.